D-N-Angel raconte l'histoire de Niwa Daisuke, qui le jour de ses 14 ans se fait rejeter par Risa, la fille dont il est amoureux. Dès lors, à chaque fois qu'il s'approche de Risa, il se transforme en Dark, le légendaire kaitô (voleur). Sa famille a éduqué le pauvre Daisuke pendant toute sa jeunesse à devenir le plus grand cambrioleur. En fait, il apprendra que tous les hommes de la famille Niwa se transforment en Dark à leur premier échec amoureux. Dark tombera amoureux de Riku, la soeur jumelle de Risa.
Peu à peu Daisuke devra apprendre à vivre avec Dark qui restera omniprésent en lui.